*对比黑马德拉KK（Black Madeira KK）、菲戈普雷托（Figo Preto）和克雷文的渴望（Craven’s Craving）的遗传学分析*

Terry2204

好的，这是您提供的英文文本的中文翻译：

我很紧张发布这个，因为我害怕引发风暴。
但让风暴开始吧！
由于文献比较啰嗦，结论我就黏贴在图片上了，结论是黑马（UCD）和Figo Preto菲戈普雷多是一样的，而他们和渴望的基因🧬序列是有点不同。
**一些背景：**
我拥有生物化学科学硕士学位，并且从事遗传学相关工作已超过十年。我拥有使用PCR和测序方法进行研究的 firsthand 经验（第一手经验）。
我为一家提供测序服务的公司工作。对这些无花果样本进行的测序服务是为了对我们新引入的仪器进行培训和验证。我很幸运，在合适的时间和地点帮助提供了一些独特的样本。我不必为这些样本的测序付费。我怀疑未来是否还能有类似的机会。如果你想进行更多测序，每个样本的费用在1000美元以上。

**全基因组测序（WGS） vs PCR：** 一些成员已经发布了一些通过PCR进行无花果基因检测的结果。PCR是一个很好的工具，但与WGS非常不同。PCR不分析整个基因组。在PCR中，需要选择目标区域并设计DNA引物来扩增那些选定的DNA区域。在PCR过程中，会生成数百万个选定目标区域的拷贝，这些片段长度从几百个碱基对到几千个碱基对不等。然后PCR结果在凝胶上运行，并通过染色使目标条带可视化。理论上，不同的无花果品种可能产生不同大小的目标条带，当同时观察几个目标条带时，可能可以区分不同的品种。这是农业中常用的技术，一些植物物种（如玉米或草莓）有经过充分验证的、可靠的目标区域。然而，根据我的研究，对于无花果的目标区域似乎还没有太多共识，全球的研究人员仍在探索更好的目标区域。这种PCR技术也是为了商业培育新品种而开发的。育种者会从杂交中培育出数千株后代，并使用这种技术来剔除与亲本相似的后代。育种的目标是发现独特的后代，而不是与亲本相似的。如果能剔除相似的后代，就可以节省大量的时间、空间和金钱。**依我之见（MY OPINION）**，将这种PCR技术反过来应用于确定克隆或无花果谱系可能并不可靠。我的这个观点源于阅读了许多研究人员试图为无花果寻找可靠PCR目标区域的论文。新的目标区域被探索出来，但在研究人员自己的测试中又失败了。研究仍在进行中，似乎尚未达成共识。如果有人读过持相反观点的论文，我很乐意阅读。我也还没有读到过用WGS结果验证其PCR结果的论文。
另一种无花果基因检测的选择，是找到一个可以作为“指纹”的DNA区域，针对其进行PCR扩增，然后进行桑格测序（Sanger sequencing）。然而，近年来，靶向新一代测序平台已变得比桑格测序更经济。但是，我还没有遇到任何文献为无花果提供了这样的“指纹”区域。这将是确定克隆或谱系最快、最具成本效益的方法。

**全基因组测序（WGS）** 是确定克隆或亲缘关系的最佳方法。PCR方法不对样本DNA进行测序。WGS的第一步是从植物材料中提取DNA。在这个实验中，我戴上一副手套，掰下一枚硬币大小的叶片，并在每次样本采集后更换手套。采集的样本被放入装有DNA稳定剂的管中，以抑制DNA降解。使用市售的植物DNA提取试剂盒提取DNA。对提取的DNA进行了数量和质量检测。纯化的DNA随后用于构建文库。制备好的样本在Illumina NovaSeq X上进行测序。数据被发送到一个拥有高性能计算（HPC）集群的实验室进行 demultiplexing（拆分）、重建并与已发布的**Ficus carica**（无花果）参考基因组进行比对。接下来，数据科学家使用HPC，通过标准化的生物信息学算法比较全基因组，以确定谱系。可以想象，这整个过程既昂贵又耗时。由于这不是一项正式的研究，而且我必须在短时间内收集样本，我无法获得更全面的样本集合。我知道我想研究黑马德拉（Black Madeira）、菲戈普雷托（Figo Preto）和克雷文的渴望（Craven’s Craving）的谱系，这就是选择它们的原因；并且为了提供一个类比对照，我从我们一栋建筑外的一棵未知的实生雄株上采集了三片独立的叶子。我种植了所有这些树并品尝了果实。所有品种似乎都符合其类型描述。

**送去测序的无花果样本：**
*   Zaffiro – Profig (ZF)
*   White Madeira #1 – Harvey (WM)
*   Unk Pastiliere – Laguna Hill Nursery, 由知名的OC收藏家提供 (UP)
*   Olympian – Harvey (OLY)
*   I-258 – Harvey (I258)
*   Black Maderia KK – Harvey (BM)
*   Figo Preto - Laguna Hill Nursery, 由...提供 *(原文此处截断)*

*(注意：最后一项 "Figo Preto" 的提供者在原文末尾被截断，翻译中保留了原文信息。)*

无花果123

tip：育种的目标是发现独特的后代  如何鉴定亲缘关系  WGS与PCR   

Leung

图片太糊了

守望幸福lss